提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中国―东盟(河口)跨境电商园区首票跨境电商货物出口******
中新社昆明12月14日电 (陈智东)记者14日从昆明海关获悉,近日一票重24吨、货值15万元(人民币,下同)的蒙自石榴在中国―东盟(河口)跨境电商园区报关,并经河口公路口岸出口。这标志着中国―东盟(河口)跨境电商园区首票跨境电商货物顺利出口。
据了解,这批蒙自石榴采用“9710”通关模式报关,全称“跨境电子商务企业对企业直接出口”。该模式申报手续非常便捷,通过线上平台与境外企业达成交易后,用跨境物流将货物直接出口送达境外企业即可,极大压缩了货物流通和周转周期。
中国—东盟(河口)跨境电商园区是云南省积极推动“一带一路”高质量发展,依托面向南亚东南亚辐射中心区位优势打造的集产品、仓储、物流、融资、财税服务等多功能为一体的电商生态园。目前园区已实现跨境电商业务进出口装卸、集中查验、转关监管、检疫处理等通关业务“一站式”办理。
中国―东盟(河口)跨境电商园区首票跨境电商货物的顺利出口,不仅为中越两国经贸往来开辟了新渠道,也为外贸企业转型升级带来新机遇。昆明海关等相关部门计划支持鼓励企业在境外建设出口产品公共“海外仓”和海外运营中心,在中国(云南)自由贸易试验区红河片区建设边境仓,助推河口跨境电商业务高质量发展,助力“一带一路”建设。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)